3.3 我国促进企业自主创新的税收激励政策存在的问题分析
建国以来，中央就一直关注我国企业自主创新的发展，特别是我国施行改革开放的发展战略以后，为增强我国创新实力，在国际舞台上赢得一席之地，政府采取了不同的激励政策，其中，颁发一系列的税收激励政策就是所采取的主要措施之一。一直以来，虽然这些税收激励政策对我国企业的自主创新起到了良好的激励作用，并取得了很大的成果，但这些税收激励政策并不是十分完善，这些条款也存在着许多的不足，并且我国的税收激励政策在很多方面还有很多问题和缺陷。下面就其存在的不足之处和问题进行具体分析。
3.3.1 企业自主创新的税收激励政策体系不健全
我国现行的税收激励政策从整体上还未形成完整统一的体系，政策的链条机制也不完善，主要表现在：（1）激励政策数量繁杂，没有统一的管理和疏导。近年来，我国制定了一系列的支持企业自主创新的税收激励政策，但由于没有上升到法律的高度，制定政策的单位和部门比较多，各单位和部门之间缺乏有效的沟通，并且颁布的时间各不相同，从而使得这些激励政策显得非常的分散和零乱，政策之间缺乏协调性和系统性，激励效果不甚理想。（2）激励政策门槛较高，操作较难。目前，对许多税收激励政策的审批有着较高的标准和前置条件，适用范围较窄，纳税人很难准确评估和利用，申请和办理程序繁琐、手续复杂，等待时间较长，许多设计很好的激励政策落实较难，政策红利无法凸显。（3）缺乏量化指标，存在政策真空。税法中明确提出的有些激励条款，因执行标准简单、粗放，指标不明确，难以量化，增加了执行难度；在我国企业自主创新的一些领域和创新过程中的一些环节还存在着政策空白，如对需要进行技术改造的企业或是正处于研发前期的创新活动缺少支持。[43]
3.3.2 企业自主创新税收激励政策的法律层次不高
我国现行的税收激励政策多散见于各种文件中，而正式以法律法规形式颁布的税收激励政策较罕见。目前，除了《中华人民共和国企业所得税法》和《中华人民共和国个人所得税法》中有少量关于企业创新的税收法律外，其余大部分的税收激励政策都是以行政法规及国务院、财政部、国家税务总局、海关总署等部门下发的通知、公告、决定、办法等的形式出台。[44]
因此，这类税收激励政策的法律层级相对较低，权威性较弱，也缺乏完整性和系统性，并且这类税收激励条款规定相对简单，可操作性较差，因而还需出台一系列的后续解释条款对其进行说明，从而使得解释条款远多于税收条款，这也在一定程度上造成了我国税收激励政策的零散细碎、杂乱无章，使得激励政策各行其是，不能形成有效的合力，这也就大大消弱了税收政策对我国企业自主创新的激励作用。与此同时，各地方税务部门对于上级下达的通知、办法等，不能及时理解和推广，加之一些激励政策原则性较强，也在一定程度上影响了相关税收激励政策的贯彻执行，不能起到很好的激励作用。
3.3.3 缺乏降低企业自主创新风险的税收激励政策
前面已经分析，企业进行的自主创新活动具有较高的风险性，创新过程中任何环节、任何步骤的失误都有可能导致企业创新活动的失败，使企业遭受严重的打击。企业进行自主创新是为了实现企业利润最大化，但企业是否要进行自主创新一方面要考虑所进行的项目能否带来足够高的预期收益，另一方面还要考虑所进行的项目是否有相关的国家激励政策支持，当创新失败时能否得到国家补偿，从而降低企业进行自主创新的风险。
通过分析当前我国税收激励政策，发现我国目前缺少针对企业自主创新全链条的风险预防与补偿政策。一方面，我国目前关于企业研发方面的的税收激励政策相对较少，而且主要集中在已经成型的技术和产生效益的大企业方面，在自主创新过程中也是主要发生在生产投入环节和技术成果转化阶段，在这样的后期阶段风险相对较低，税收激励政策降低自主创新风险的效用无法体现，真正需要激励的是企业自主创新的前期阶段。另一方面，我国目前还没建立起完善的自主创新准备金制度和创新失败补偿机制。现行的政策只是为弥补创新投入而允许从创新产品收益中给予一定的优惠，而没有充分考虑到创新各阶段存在失败的可能性，企业自主创新某一阶段一旦失败，前期投入的资金将无法收回，如果没有准备金制度和创新失败补偿机制，后续阶段也将无法继续进行，企业将遭受严重打击，从而使许多企业在自主创新面前也将畏而却步，不愿意再从事自主创新活动。
3.3.4 缺乏自主创新企业筹资的税收激励政策
充足的资金支持是企业进行自主创新所需的必备条件之一，而企业进行自主创新所需的资本除企业自有资金外，很大一部分还需政府投入和对外融资，但政府对企业的投入范围和数额毕竟是有限的，并且只支持国家鼓励项目的自主创新，大部分企业特别是中小企业无法得到政府的扶持，只能靠自己想办法对外融资。
资本具有逐利性，同时也具有规避风险的性质，因企业进行自主创新所具有的高风险性，使得许多银行机构和民间资本不敢贸然涉足这一领域，从而使得企业筹集不到充足的创新资金，致使企业无法进行自主创新或使正在进行的创新中断。在我国关于企业自主创新的税收激励政策中，对企业对外融资进行自主创新的税收激励政策是十分缺乏的，并且对投资企业的类型、投资的方向等作了较为严格的规定，阻碍了外来资本的进入，对企业的自主创新并没有起到明显的激励作用。税收激励政策在这一领域的缺失和不足，进一步缩减了从事自主创新企业的数量，只有那些规模巨大、资金充足的大企业才有能力进行自主创新，而那些规模相对较小、资金匮乏、融资难但具有创新意识的中小企业，却很难进行创新活动，从而从整体上影响了我国企业自主创新的步伐。
3.3.5 缺乏间接激励企业自主创新的税收激励政策
促进企业自主创新的税收激励政策可以分为直接激励和间接激励两种情况。其中直接激励政策主要包括税率的优惠和税额的减免，具有激励力度大的特点，是一种事后的激励；间接激励政策即税基式的激励，主要是通过减少企业应纳税所得额来激励企业创新活动的，是一种事先的激励。
目前我国对企业自主创新采取的税收激励政策大多是直接的税收激励政策，而间接的税收激励则相对较少。直接的税收激励只是对那些已经成型的技术和产品进行激励，而对那些正处于研发初期和正在进行的研究开发则没有相关激励。如在 2011 年财税第 100 号文件中指出，为落实《国务院关于印发进一步鼓励软件产业和集成电路产业发展若干政策的通知》（国发[2011]4 号）的有关精神，对软件产品增值税的规定为，增值税一般纳税人销售其自行开发生产的软件产品，按 17%税率征收增值税后，对其增值税实际税负超过 3%的部分实行即征即退政策。并且很多的税收激励政策是鼓励企业引进先进技术时给予的激励，在一定程度上也造成企业对国外先进技术的依赖，进一步加重我国技术的空心化现象，我国这种相对重视创新链下游的税收激励政策不能在根本上解决企业自主创新前期面临的问题。
3.3.6 缺乏对企业科技人才支持的税收激励政策
目前国际竞争日益激烈，国家之间综合国力的竞争，归根结底都是抢夺人才的竞争，特别是高层次人才是一个国家科技进步的核心要素。同样，对企业来说，人才更是进行自主创新的核心要素，任何企业的科技创新都离不开高水平的技术人才，因此，如果要加强对企业自主创新的激励，就应该加大对企业科技人才的激励。
但是，我国目前的税收激励政策在企业科技人才方面还存在许多空白。具体来说：
一方面，缺乏培养企业科技创新人才的税收激励政策。企业的科技人才除了需要引进之外，还需企业自主培养一批高素质科技创新人才，但是企业培养人才需要较长的时间，特别是需要大量的培养经费。我国除大中型集成电路企业和软件研发类企业对个人培养经费方面有少量的扣除外，对绝大多数企业都没有优惠的税收激励政策。第二，缺乏对企业科技创新人才方面个人所得税的税收激励政策。我国现行的个人所得税是对所有个人的收入采取统一征收，没有考虑到企业创新人才需要较大的教育支出这一特殊情况，没有对企业创新人才的收入采取税前扣除等税收激励政策，而且在现行的个人所得税中仅免征由省级部门及以上部门认定颁发的教育、科研方面的奖金，对企业颁发的奖金却没有相关规定，还没有形成对企业创新人才有效的税收激励。
3.3.7 缺乏鼓励消费者使用创新产品的税收激励政策
企业进行自主创新是为了生产出市场上尚未出现过的新的产品进行销售，从而抢占商机、占领市场获取高额的利润回报。这里所指的新产品是指企业运用新原理，采用新技术或使用新材料研制而成的技术创新产品，或是因科技进步而在某一领域有重大发现或突破产生的创新产品，这一产品需经国家相关部门的认定，可以给予税收激励的新产品（如新能源汽车、光伏产品等）。纵观我国税收激励政策条款，虽然我国对企业进行自主创新施行了的较多税收激励政策，但是到目前为止，我国鼓励消费者使用创新产品的税收激励政策还不完善，也没有出台针对这一领域的专门法律法规。
这不仅影响了企业进行自主创新应具有的普惠性，也影响了企业进行自主创新的可持续性，还影响了消费者购买创新产品的积极性。技术产品的市场需求决定了企业自主创新的产品供给，企业经过市场调研，发现市场需求之后，就将进行技术创新。企业在研发初期必定投入大量的人力、物力和财力，而且也将耗费大量精力，创新产品一旦生产出来，由于创新产品的成本较高，企业在制定价格时可能会制定较高的市场价格。此外，消费者对创新产品知之甚少，这将降低消费者购买创新产品的积极性，影响市场需求。市场需求相应降低，产品难以推广，产品销售难以进行，减少了企业的创新收益，这也就违背了企业进行自主创新的初衷，企业也不会再加大投入进行自主创新。
3.3.8 缺乏企业自主创新产学研合作的税收激励政策
《关于实施科技规划纲要增强自主创新能力的决定》 中明确指出要“建立以企业为主体、市场为导向、产学研相结合的技术创新体系”.通过产学研合作，可以充分整合各方面的科技、资金、人才等资源，有效地衔接自主创新的各环节，增强自主创新能力，完善国家自主创新体系。但我国目前还没有完善产学研之间合作的税收激励政策，只是部分规定了科研机构和大专院校向企业转让技术成果，以及企业对非关联性的科研机构与大专院校提供研发资金时应享受激励政策，却没有明确规定企业、科研机构和大专院校联合研发新技术、新产品等相关方面的税收激励政策；与此同时，对于企业与企业之间强强联合的合作创新，我国也缺乏相应的税收激励政策支持。另外，国家偏重对科研单位和高校的支持，对企业方面的鼓励较少，使得科技成果市场占有率和成果转化率都比较低，这也在很大程度上制约了企业自主创新的进程。
