作为实证主义观点的首创者，孔德提出了用实证的方法研究社会科学，对西方学术界产生了极大的影响。几乎与孔德同时代的马克思也多次在自己的着作中提及“实证”一词，那么，马克思的历史唯物主义方法论与孔德的实证主义又有哪些异同呢？孔德的实证主义方法论有哪些局限性？马克思又是怎样在批判中建立起自己的方法论的呢？
一、从现实出发。
孔德提倡以实证的方法研究社会，他认为“实证”是组织而非破坏，是真实的而非虚幻的，是有用的而非无用的，是肯定的而非犹疑的，是精确的而非模糊的。因此，他的社会历史研究强调要从现实出发，以观察法、实验法去研究社会现象。反对形而上的思辨，力求在直面现实中寻求解决途径，以从社会困境中解脱出来，这种方法改变了以黑格尔为代表的思辨哲学对社会的抽象研究方式。虽然马克思并没有受孔德的直接影响而使用“实证”这一概念，但也以现实为出发点，强调从经验、事实、观察等出发研究社会。马克思反对从观念出发来解释实践，强调要从现实的物质实践出发来解释观念；并认为，在揭示社会政治结构同生产的联系之时，不应当带有任何思辨的色彩。可以说，马克思与孔德的相同之处是当时社会潮流的反映。
19 世纪，自然科学突飞猛进的发展不仅推动着社会生产力的进步，而且还改变着人们的思想观念与思维方式，思辨哲学的权威性日益受到现实的挑战，面对现实，借鉴自然科学的规律、逻辑和方法来研究社会现象也成为了哲学家们的共识。在这样的背景下，孔德与马克思都从社会现实出发，对资本主义生产方式进行实证考察和科学研究。但马克思理解的“现实”与孔德理解的有着本质上的区别，在孔德那里，现实是局限于经验之上的现象，缺失了现实的人的维度，虽然他承认人的理性的作用，但只是错误地将人的理性作为历史发展的决定性要素，终究是没有正确地把握人的主体性；而对马克思而言，从现实出发则意味着深入到资本主义社会的生产方式，从“现实的人”出发，揭示历史的发展规律。马克思把人理解为现实的、处在特定社会关系之中并受物质生产条件制约的人，社会历史就是“现实的人”的活动过程，要研究社会，必须从“现实的人”出发，在这一基础上，再通过一系列具体方法如系统研究、主体研究、矛盾分析等来研究社会。
其次，面对现实，孔德将自然现象与社会现象完全等同起来。孔德分析道，生物体是由细胞、组织和器官构成的，包括营养、循环和调节三个系统，相应的，社会则由家庭、阶级或种族和城市与社区构成，包括生产、分配和调节三个系统。并且，生物界的自然选择、生存竞争和进化等规律也适用于社会的发展。可见，孔德是以自然科学的方法来研究社会的，将社会现象与自然现象尤其是和生物现象作了机械的类比，认为“只需将与其性质完全相符的趋势推广到社会现象即可”,社会现象与自然现象之间并没有本质区别，人类社会历史作为自然的一部分，是自然界进化的产物，是自然的一种延伸。显然，他是混淆了高级运动和低级运动的根本区别。虽然社会不是精神的产物，但也绝不能将其简单地等同于生物体。将社会科学与自然科学严格等同的结果，只能使他在社会研究的方法论道路上越走越窄。而马克思则严格区分了社会现象与自然现象，从社会关系的总和入手来研究社会现象。
再次，从现实出发研究社会的目的在于寻找规律。孔德一方面强调社会研究方法的科学性，认为社会必须由标准的科学方法来研究，通过感觉、经验，运用实验、比较的方法去发现、描述现象，去发现那些控制着社会的“不可更改的规律”;另一方面，孔德又认为，这些规律仅仅是事实之间的先后顺序或类似关系，人们不能获得对历史本质的认识，社会研究的方法不在于探究事物的内在联系和本质。而马克思则通过各种社会现象，运用科学的抽象，透过现象之间表面呈现出来的联系，发觉事物之间的内在本质。
二、历史法及其缺陷。
孔德认为，社会是不断进化的，社会的发展是不需要任何飞跃就可以直接发生的逐渐进化的过程。人们可以通过对各种历史事实的观察与分析来揭示人类社会的发展趋势。孔德在他的社会动力学中专门论述了人类社会发展的动力和规律，认为在促进社会进化的政治、经济、文化等多种因素中，有一种因素在各种因素的互相反作用过程中占有优势地位，并不断地为其他因素提供必要的原始动力，这个因素就是理智。人们应当把理智的进化放在所有进化的首位。“社会的历史是由理性的历史所支配的”.
人类的进步实质上是道德和理智的进化。人类精神的进化决定了人类社会的总体进化，因此，由人类精神进化的三个阶段规律可以得出人类社会总体进化的三个阶段规律。“神学的阶段、形而上学阶段和实证阶段”相对应的是“神学和军事的社会制度”、“批判的时代或革命的过渡时代”和“科学和工业的时代”.孔德认为，阶段三的社会最符合人类本性，因此，它是人类社会总体进化的最高阶段，也是人类历史发展的终极形态。
虽然孔德提倡以历史的方法来研究社会，但其方法却具有先天的不足。首先，他认为社会进步的根本原因是人的理性而不是生产力的发展，这显然与历史发展规律不相符。
其次，在对待资本主义态度上，孔德认为资本主义是永恒的、天然合理的超历史状态。他的实证主义方法是在对资本主义生产方式进行自然化、永恒化甚至神化后的基础上进行的，在对现实进行解说的背后实际掩饰着深刻的保守主义。他把社会现象的发生发展纳入其主观意识上，以掩盖资本主义社会存在的不合理性，想通过道德上的改变来解决现实的困境，致力于维护资本主义社会的统治。孔德避开了资本主义的生产本质--剩余价值的生产，忽视了资产阶级与无产阶级的根本性对抗，因此，他也就没有得出要改变现实就要消灭私有制以及资产阶级必然灭亡的结论。正如马克思所批判的：政治上，孔德为帝国制度辩护；经济上，为资本家辩护；社会问题上则为等级制度辩护……他不过是新教皇的代言人，用新的教义代替了旧的教皇和旧的圣徒。
三、价值中立与主体性的缺失。
孔德的实证主义研究方法将生物学研究的范式套用于社会研究，将社会完全自然化，认为有一个独立于人的存在的客观外在世界，方法上强调研究社会过程中主、客体的分离，坚持价值中立，即主体反应客观事物时，必须是纯粹的、不偏不倚的，要将个人的情感、意志、价值等主观因素悬置起来，以保证知识的有效性，并认为“探索人的意识是无意义的”.因此，其方法论不仅忽视了人的主体地位和意义，陷入了还原主义和机械主义，而且对社会的认知和评价上也缺少了重要的维度。
马克思将实践的观点引入社会研究，提出社会历史是由主体人的实践活动联系起来的，将实践作为沟通主、客体的一种媒介。
认为社会现实是通过实践而展示出来的，同时，实践又是主体发挥作用的过程。因此，社会绝不是独立于人的纯粹的客观世界，社会现象是有有意识、有目的的活动构成的，既有客观性的一面，又有思想、情感、态度、价值等因素就会参与其中，蕴含着价值的维度。正如恩格斯所分析的：不同于自然界中无意识的动力，社会历史领域内的活动，是有自觉的意图和预期的目的的，参与其中的主体是具有意识的人。社会现象是客观性与价值性的统一。
另一方面，人们对社会现象的认知本身就包含了价值的内容，由于人们的社会地位、价值观念等等的不同，对社会现象的认知也是有差别的。因此，价值中立在现实中是行不通的。
四、整体法及对个体的忽视。
孔德认为，社会分析的对象不是个体或个体现象，而是整体现象，并系统地阐述了他的社会有机体学说。一个生命的有机体是由各个部分有机结合起来的整体，各个部分的结合在构成了有机的性质，而单独地看某个部分是没有意义的。只有从有机体整体来看问题，才能在认识整体的同时把握部分。他并将这一原则运用在社会领域，认为社会是一个由各个部分相互联系的整体，社会的三个系统，即家庭、阶级或种族、城市和社区，分别是社会的细胞、组织和器官。研究社会现象应立足于整体，在整体中考察社会的各个体系。他认为，在研究非有机体时，我们对成分的观察更容易，因此我们可以从简单到复杂去认识事物；但研究社会和人时，我们更熟悉整体，因而更适用于从整体出发。同时，由于社会同自然界一样，是个不断进化的过程，他还主张在研究人类历史时，也要将各个历史时间段放到整个历史长河中去做整体性考察。
马克思主义中语境的整体区别于孔德的概念，指的是以生产实践为基础的各种社会构成要素有机联系而又互相制约的社会整体，是物质生产、精神生产、人自身生产的有机统一，并非像孔德一样将社会整体简单地归结为生物现象。其次，孔德虽然强调整体的意义和作用，明确地认识到整体并不是部分的简单相加，但却忽视了社会中具体的个人，认为整体可以独立于个人而发生作用，而马克思主义认为现实的个人和他所组成的社会是一致的，“应该避免重新把‘社会’当做抽象的东西同个人对立起来”,社会和国家也是从一定的个人生活中产生的，研究整体离不开对现实中的个人的考察，从而从根本上克服了孔德实证主义方法上的缺陷。
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