由于我国科学事业单位实行内部控制的时间较短，自1992年改革开放以来，政府工作将重点转移到经济建设工作上去，提倡实行单位内部控制才逐渐走上正轨。
经过国家审计署的指导，借鉴欧美国家先进内部控制经验，我们能够站在高起点上，发展速度较快。近些年，国家也出台了很多关于科学事业单位内部控制的法律及法规，使中国科学事业单位的内部控制不断向正规化、理性化的方向发展，从而降低事业单位内部运作的风险，提高事业成功率的生命周期。科学事业单位作为一个研究工作整体，工作人员不但是内部控制的主体，而且还是内部控制的客体，所以内部控制应该从尊重每一个人开始。
1 内部控制的定义和目标
所谓内部控制是指单位组织内部为实现运营目标，保证资产使用安全、有效、完整，对经济活动的风险进行防范和管控，从而制定相应的各种制度和程序。科学事业单位内部控制分为五个主要目标：合理保证单位管理和经济活动合法合规、资产安全、财务报告及信息真实完整、提高管理服务的效率和效果、有效预防腐败及防范舞弊。
2 我国科学事业单位内部控制现状
2.1 内部控制体系不完善，内部控制意识薄弱有些单位不重视建立内部控制制度，内控制度残缺不全，有些内容严重滞后于单位的发展；更多的单位是有章不循，将单位的内控制度仅仅用来应付相关部门的审计与检查，管理层并不关心内控制度的具体执行情况如何，遇到具体问题总是强调灵活性，使内控制度形同虚设，失去了制度本身应有的刚性与严肃性。一部分单位领导及员工缺乏对内部控制的基本了解，认为内部控制就是内部财务控制，换句话说就是财务部门的事情，与其他环节无关，内部控制意识的薄弱造成了内部控制体系的建立和执行非常困难。
2.2 财务部门人员水平参差不齐，对内部控制的把控不足
2.2.1 财务部门是单位内部控制制度、职责、目标等的具体执行者，因此财务人员对内部控制的掌控程度直接关系到单位内部控制的成效。此前，我国科学事业单位由于人员编制数额的限制，财务人员配置数量不足，业务交叉过杂，会计人员兼职过多，会计人员忙于日常单位业务核算与各项报表统计和检查工作，没有将更多的精力放在内部控制制度的监督、检查和完善上。
2.2.2 领导干部政绩、业绩考核机制不完善。长期以来，对科学事业单位领导干部政绩、业绩考核侧重于科研项目数量、目标利润等量化指标完成情况为主要依据，缺乏对其他软性指标的综合考察，从而造成单位领导层忽视财务部门的监督管理职能和辅助决策职能，会计人员仅仅被单位领导当成“钱袋子保管员”,内部控制效果自然大打折扣。
2.2.3 科学事业单位会计从业人员专业素质较低。近些年来，随着国家各项会计政策、法规、制度的出台，对会计从业人员在思想道德教育、业务能力培训等方面都没有跟上，有些培训流于形式，对提高会计人员综合素质收效甚微。
2.3 内部审计被忽视，内外部监督考评没有发挥应有的作用
2.3.1 科学事业单位多数未建立独立的内部审计机构或即使建立其职能也是由财务部门兼管，不能或未能对财务活动进行有效的内部审计，更谈不上与财务管理工作形成合力，共同推动本单位内部控制工作的良性运转。
2.3.2 内部控制制度没有与绩效考核机制挂钩，或者即使有联系，由于内审环节的不完善，很难做出真实客观的考评结果，造成作为绩效考核激励机制重要约束力的绩效工资制度没有形成有效的制约。由此可见，单位作为一个利益整体，很难客观公正地对自身的内部控制效果进行评价。
2.3.3 切实有效的外部监督乏力，目前已形成的政府监督包括财政部门、国税地税、审计部门、证券监管等部门。社会监督主要包括注册会计师审计、新闻媒体单位、社会大众舆论。面对如此庞大的监督体系，其监督效果却差强人意。原因主要有如下三个方面：一是各种监督的功能因为管理分散，造成监督交叉、标准不一，未能形成切实有效的监督合力；二是对注册会计师监督不力，少部分人面对巨大经济利益诱惑而严重违规，带坏从业环境，从而使得作为“经济警察”的注册会计师，其监督作用没有充分发挥出来；三是新闻媒体、社会大众舆论监督参与度极低，很多行政事业单位预算、决算等相关财务报表不敢公之于众，害怕受到公众监督。
3 完善科学事业单位内部控制体系
3.1 形成良好的内部控制氛围，逐步完善内部控制制度
3.1.1 人是内部控制活动的主体，因此应首要提升职工的内部控制意识，通过加强内控意识的宣传与培训，提高单位领导对内部控制的重视程度，培养全体员工对内部控制的认识，转变观念，内部控制并不是诸多的限制与约束，而是单位健康发展的良方，化被动执行为积极主动地参与内部控制，为内部控制的执行奠定坚实基础。
3.1.2 环境是内部控制的保障，公益性科学事业单位应根据自身特点，建立与之相匹配的内部控制文化，将单位文化融入其中，营造一种符合自身管理理念与发展目标的内部控制氛围，形成一种积极进取、追求卓越、和谐健康的带有“主人翁”精神的内部控制环境。
3.1.3 制定科学的内部控制制度必须进行充分的研究，征求全体员工的意见和建议，形成具有可操作性的制度设计，同时管理层应及时把握本单位的发展方向及所在领域的大环境趋势，建立与自身实际情况充分吻合的内部控制制度，这样自下而上和自上而下双向研究，充分论证并小范围试行后，才可颁布执行。
3.1.4 制度的阐述应尽量详尽，具备合理性、科学性和可操作性，必要的话应配套图表和流程图，方便理解和操作，同时内部控制制度应该具备学习性和可扩展性，应定期组织员工学习讨论，并根据业务的发展逐步完善内部控制制度。
3.2 重视财务工作与后续培训，提升财务工作水平与财务人员业务能力财务部门是内部控制实施的中枢环节，财务人员整体水平的高低直接关系到内部控制的效果。随着业务的发展，财务部门不仅应做好出纳、会计这些基础财务工作，更多的应向财务管理、决策支持的方向提升。
3.2.1 单位领导应重视财务工作，因为很多问题的出现都是在资金环节，要想实施全面的内部控制，财务部门是不可或缺的重要一环。摆正了财务部门的位置，接下来需要对财务人员进行整体素质的提升，应包括业务知识、内部控制流程、预算管理、资产管理、政采管理、国库集中支付管理等涉及内部控制的各个方面，要有计划有重点地结合内部控制的情况开展后续教育，这样才能保证财务工作严格按照内部控制制度执行。
3.2.2 在保证有合格的人员作为财务工作硬件基础的同时，需要提升财务部门的软件基础，建立完善的财务信息化管理系统及科学全面的财务管理评价体系，这不是简单的几台机器一套财务软件所能解决的，而是通过信息系统将财务工作贯穿至单位运行的各个环节，通过先进的信息化手段控制风险，推动内部控制工作的有效实施。
3.2.3 要建立科学合理的财务管理分析评价体系，推动财务管理向决策支持过度，并作为绩效考核的内容，加大奖惩力度，确保财务管理在内部控制中发挥更大的作用。
3.3 加强内部审计工作，完善内外部监督考评机制
3.3.1 内部审计部门应在整体架构中有着更高的层次，直接对单位法人负责，强化其权威性和独立性；要配备专业的内部审计人员，经常性地开展培训，加强与各部门、各环节的沟通交流，强化内部审计的服务意识。
3.3.2 建立内部审计制度，将内部审计工作推向制度化、常态化的良性发展轨道。在内部审计中，既要监督制定的各项规章制度是否合理、是否得到了认真的贯彻执行、信息化管理流程是否科学等宏观方面，也要检查如会计原始凭证是否真实、报销手续是否完备合规、会计报表是否及时准确等细节方面。
3.3.3 内部控制涉及的方面都是内部审计检查的重点，力求实事求是、客观公正，发现问题后要及时反馈给单位领导，以便管理层采取有效的改进措施，并且加强事后的跟踪落实情况，确保及时地发现问题并解决问题。
3.3.4 在内部考评方面，设计一套客观适用的考评系统，定期对内部控制制度的执行情况进行分析评价，并与绩效考核挂钩，与绩效工资挂钩，进一步提高全体员工对内部控制的重视程度。在外部监督检查方面，其职责主要在财政、审计部门及行政主管部门。
3.3.5 随着各项工作的不断深入，财政、审计部门对于机关事业单位的监管不断加强，这也从外部环境上为开展内部控制营造了一个良好的社会环境，作为行政主管部门，可根据实际情况及管理的需要定期或不定期地对下属单位开展内部控制的监督检查工作，同时可以联合会计师事务所等专业机构根据各单位发展需要开展有针对性的内部控制培训、考评工作，从而从政府层面促进内部控制工作的顺利开展。
