但由于公约界定的资源并不包含生物资源，公约规定由管理局代表全人类对国际海底资源行使权利的主要内容和目的也在于合理开发矿产资源，对海洋环境的保护也只是在开发过程中的一种附带性预防措施。在公约第一百六十二条就理事会权力和职务的规定中，只有两处清楚、直接地规定了对海洋环境的保护措施：一是在紧急情况下发布命令以防止海底活动对海洋环境造成严重损害；二是有重要证据证明海洋环境有被严重损害之虞时禁止开发某些国际海底区域。可是，公约的规定相当模糊，对紧急情况、证据的重要程度、严重损害的情况均没有明确的标准，受制于科学的局限性、不可预见性，管理局往往只能在事后才认识到国际海底活动对国际海底生物资源造成的损害。
作为管理局的重要管理机关，理事会的成员构成主要是与国际海底矿产具有重要利益关系的国家。管理局的规章制度主要是由理事会制定，而构成理事会的成员国由于在国际海底矿产资源开发上享有重要利益，导致理事会制定规则保护国际海底生物资源的动力不足或过程艰难。在以开发国际海底矿产资源为指导思想的管理局中，养护国际海底生物资源并没有得到管理局足够的重视。在管理局的职务范围之下，保护海洋环境、保护国际海底生物资源并不是管理局的重要职责，尽管管理局享有制定海底开发活动及保护海洋环境所需要的规则、规章和程序的权力。
（三）有效保护工具的缺乏
公约规定了各国有保护和保全海洋环境的一般义务，要求“各国在适当情形下个别或联合的采取一切必要措施，以防止、减少和控制任何来源的海洋环境污染，并为此目的开展全球性和区域性的合作”.但至于具体的保护措施，公约却未能做出细致规定，留待国家和国际社会在实践中探索。
为保护海洋环境，各国设计了各种保护工具，特别是在建立海洋保护区问题上开展了广泛的探索。海洋保护区分为国家管辖范围以外海域的保护区和国家管辖范围以内海域的保护区。在国家管辖范围以内海域建立保护区，受沿海国的主权或主权权利支配，属于国内法问题；而在国家管辖范围以外海域建立保护区则需要国际社会达成共识，属于国际法问题。但在国家管辖范围之外设立保护区，特别是在国际海底设立保护区以保护国际海底生物资源的前景并不明朗。
在国际海底设立保护区以保护国际海底生物资源不仅会制约对国际海底生物资源的开发，还会影响到目前各国对海底矿产资源的开采，而这将会严重损害到海洋大国的经济利益。保护区位于国家管辖范围之外，其执行机制将主要由海洋大国掌握，这些国家拥有资金、技术及遍布全球的岛屿、海洋基地，执行的过程在无形中会使这些国家在国际海底取得类似于主权效果的执法权力，而这正是发展中国家、内陆国家所不愿看到的局面。另外，在国际海底建立保护区需要国际社会开展广泛的合作，并需要研究与现行国际海底制度、现行海洋法体系的协调问题，特别是需要研究保护区是否会减损公约规定的人类共同继承遗产的原则，但截至目前，国际社会尚未就在国家管辖范围之外的公海、国际海底建立海洋保护区的合法性问题达成广泛的共识。
在国际海底建立保护区的问题上，发达国家与发展中国家之间、发达国家之间、发展中国家之间均有不同的利益考量，加大了在国际层面开展合作的难度。在国家管辖范围之外的公海和国际海底建立海洋保护区仍然是一个值得研究的争议问题，尽管海洋保护区被认为是保护海洋环境和海洋生物资源多样性的有效工具，但国际社会目前仍然缺乏这种有效工具。
三、国际海底生物资源保护机制的完善
在现有的海洋法框架下，国际海底生物资源的保护机制存在重大的缺陷，未能为国际海底生物资源提供充分的保护。就国际海底生物资源的保护而言，是通过召集外交会议制定专门的国际公约，还是在现有的国际法基础上进行完善，是值得认真考虑的问题。考虑到第三次海洋法会议从 1973 年到 1982 年共进行了 8年，各国---特别是发达国家与发展中国家之间---对国际海底生物资源在海洋法上的法律地位、开发过程中的利益分享等问题存在激烈的争论，通过缔结专门的保护国际海底生物资源的国际条约是不现实的，可行的方式是将国际海底生物资源纳入现有的国际法律体制之内。
（一）明确国际海底生物资源在公约中的法律地位
公约将国际海底的资源仅仅限定为矿产资源是不合理的。要使国际海底生物资源得到公约的有效保护，需要明确国际海底生物资源在国际海洋法上的法律地位。鉴于公约确立了国际海底制度并规定了国际海底资源作为人类共同继承的财产、为全人类利益进行开发的原则，将国际海底生物资源纳入国际海底制度，作为人类的共同继承财产符合公约的精神。公约作为一部具有里程碑意义的国际海洋法法律文件，被誉为“一部真正的海洋宪法”,因此，公约应该是一切海洋活动的依据，包括国际海底生物资源的开发利用。 至于明确国际海底生物资源在公约上的法律地位的方式，可以采用《关于执行<联合国海洋法公约>第十一部分的协定》的方式缔结一个新的协定或修改协定的部分内容，将国际海底生物资源纳入公约意义上的“资源”范围；也可以采用国际司法实践的方式，例如国际法院、国际仲裁庭、国际海洋法庭等国际司法机构在解决海洋争端的过程中，涉及到国际海底生物资源问题时，通过对公约的解释和适用明确国际海底生物资源在公约上的法律地位。公约是迄今为止影响最大的有关海洋的国际立法，专门规定了海洋环境保护的内容，确立了海洋环境保护的基本原则，如可持续发展原则、合理分担责任原则等。[3]96国际海底生物资源法律地位的明确将使公约关于海洋环境保护的规定成为保护国际海底生物资源的坚实的法律基础。
（二）完善国际海底管理局的职能
公约规定国际海底管理局作为全人类的代表管理国际海底资源，在国际海底进行的所有活动必须遵守管理局制定的规则、规章和程序，任何在公约规定以外，未经管理局授权的活动，都是非法的和无效的。因此，管理局代表全人类行使对于国际海底资源的一切权利，具有控制和管理国际海底内活动的权力和职务，以及为行使此项权力和职务所包含的必要的各项附带权力。
国际海底生物资源作为位于国际海底区域之内的资源，应当属于管理局管理、控制的职权范围之内。为此，管理局应当转变单纯以开发为主导的管理思想，在国际海底生物资源保护问题和资源开发上取得合理的平衡。对此，有人提出，应当维护和支持国际海底管理局的工作职能由单纯的国际海底区域矿产资源管理和保护延伸至生物资源的管理和保护，坚持国家管辖范围外的国际海底生物资源作为人类共同遗产的基本原则。
就实践来看，管理局管理国际海底内活动的职能已经比较成熟，其工作得到了各个国家的认可和配合，其制定的规则也得到了良好的遵守，由管理局负责管理和保护国际海底生物资源符合公约的宗旨，同时也可以使国际海底生物资源的保护与现有的国际法律框架和机构设置相衔接，减少制度建构和创设新机构的成本。
（三）建立和完善国际海底保护区制度
目前人类尚未完全认知国际海底生物资源，贸然在国际海底开展人类活动只会使人类在不知情的情况下破坏具有重大价值的国际海底生物资源。基于保护环境的预防原则在国际海底建立建立保护区，以实现对国际海底生物资源的预防性保护得到了许多国家和国际社会越来越多的关注。地中海沿岸国家、OSPAR委员会在晚近建立的海洋保护区已经扩展到公海和国际海底，国际海底管理局也对保护国际海底海洋环境的问题表示了极大的关注。国际社会的实践对国际法的发展具有根本的推动作用，各国、各国际组织在国际海底建立保护区的实践将使国际海底保护区制度的发展趋势越来越明朗。建立和完善国际海底保护区制度的关键在于国际社会的协调，特别是发达国家与发展中国家之间的协调，保护区确立的环境保护标准无形中会排除许多发展中国家在国际海底的活动。鉴于此，在建立国际海底保护区的同时，国际社会应完善国际海底活动的惠益分享机制，完善发达国家与发展中国家之间的技术转移制度，建立海洋基地开放机制，以促成发展中国家与发达国家在国际海底保护区议题上达成广泛的共识。
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