一、黑格尔对于哲学体系“入门”的思考
黑格尔对于哲学体系“入门”的思考从耶拿时期就已经开始，所以我们对于黑格尔《精神现象学》和哲学体系的关系的考察也应从他在耶拿时期开始。
这个时期可以被认作是黑格尔开始创建科学的哲学体系时期。同时，黑格尔耶拿时期的思想又可分为3个阶段：
第一阶段在1801-1802年，黑格尔把他的哲学体系分为4个部分：逻辑学、自然哲学、精神哲学、形而上学，可以看出，这个阶段黑格尔把逻辑学作为体系的入门放在第一分部，而且把它与作为真正哲学的形而上学分开，可见这个时期黑格尔的思想与建立《哲学科学百科全书》（以下简称《哲学全书》）体系时的思想还有差别。导致逻辑学与形而上学分开的原因，国内近年研究表明，在于黑格尔面对哲学是否需要一个导言或入门这个问题时的举棋不定。的确，哲学本身作为一个有机的整体是不需要一个入门或导言的，正如黑格尔在后面的《哲学全书》导言中所说：“哲学表明自己是一个返回自身的圆圈，这个圆圈决没有其他科学意义上的开端。”
但在实践中一个类似的导言或入门又是很有必要的，因为哲学总是从多样性、主观的立场出发的，导言可以澄清这些不同的主观立场，与客观性和绝对的东西进行交流。
导言应该教育主观性，“通过它的受限制的诸形式在更广阔和更普遍的立场上去把握自己的任务，并在哲学的对象中”认识自己。所以导言成为沟通哲学的主观形式和哲学的客观内容之间的桥梁。由于这种实践的作用或为研究哲学的需要，一个导言或入门还是需要的。
然而，在耶拿时期的第二个阶段，即1803-1804年，黑格尔虽仍然把体系分为上述4个部分，但认为逻辑学和形而上学的性质和任务有交叉，国内相关研究指出：“这个时期的逻辑包含了有限反思的逻辑和思辨的逻辑双重因素，一方面它提出了一些在形而上学中才出现的问题，另一方面它又不是真正的形而上学。它的任务也是双重的，一方面通过扬弃知性的规定性成为形而上学的导言，另一方面又因为处理了无限性等思辨的简单关系而成为一种形而上学的基本理论”。
由于发现了逻辑学和形而上学在性质和任务方面的类似，使黑格尔在耶拿时期的第三阶段，即1805-1806年的思想发生了重大的转变，他通过进一步的思考，消解了逻辑学和形而上学的区别，从而使二者融为一体。由此，黑格尔在耶拿时期的哲学体系由四部分变成三部分，即逻辑学、自然哲学和精神哲学。但是这个转变并没有解决体系导言或入门的问题，由于逻辑学和形而上学的统一，可以说是在体系中取消了可以进入它的门径，这就迫使黑格尔只能另寻进入体系的途径。
既然逻辑就是形而上学本身，不再是哲学的入门，那么，怎样才能将普通的认识引导到哲学认识的入口呢？黑格尔希望“意识”来承担这项任务。在体系内部寻求入门的途径没走通后，黑格尔开始从，个人意识发展和社会历史发展方面寻求出路，由此就产生了对后世影响巨大的《精神现象学》。国内部分学者在谈到这个问题时的观点是：“黑格尔力求把历史哲学的因素纳入体系中，于是他转向了作为意识经验的科学的‘精神现象学’，想把它当做体系的第一部分，作为进入体系的历史性导言来取代昔日逻辑学的地位。”
黑格尔对于意识历程的思考可能在耶拿早期就已经开始，但他写作《精神现象学》的确切时间是在1805年冬天，它作为哲学体系的入门，计划和逻辑学一起构成体系的第一部分，并且在1806年夏天，在交给出版商的第一部分手稿时，加上了“意识的经验的科学”为副标题。但在1806年秋天，黑格尔在最终交给出版商的书稿上，删掉了“意识的经验的科学”的副标题，改为“精神现象学的科学”。在1807年1月为《精神现象学》所撰写的序言中，黑格尔简要地谈到改变初衷的理由。本来可以在个人意识发展中经过辩证运动最后达到哲学的认识，即“绝对知识”的历程，但由于把世界历史的进程考虑进去，改变了以“意识的经验的科学”为主题的初衷。黑格尔认为，意识正处于一个新世纪的开端，而新世纪又是从历史中产生的，所以意识唯有在世界史中才能把握住这个新世纪，因此意识必须承担“世界史的巨大劳作”。由于在这本书的后半部分增加了上述世界史的内容，如道德、伦理、宗教，使得这个最初为哲学体系所设计的入门成为了一部逻辑完整、且内容篇幅宏伟的独立作品。由此它已经不再仅是“意识的经验的科学”，而是承担起当代科学的任务，它既不再是体系的第一部分，也不再是体系的入门，而是“一般的科学或知识的这个形成过程”，它体现了逻辑的历史发展过程。
国内黑格尔专家对“意识的经验”和“精神的现象”两个概念的关系做了辨析，首先阐述了何为“意识的经验”，“它就是指把意识的对象经验为一个为意识的存在，从而将其包括在意识自身之中。……严格地说，它们要表达的思想观点是一致的，这就是黑格尔在‘导言’中反复阐述的主旨；‘意识的经验’是就这一主旨尚在发生时、尚未被人意识到时而说的，而“精神的现象”是在揭示了这一主旨后，是在意识经过发展成为精神后而说的，指意识的这个发展过程就是精神现象的不同形态”。这也就是说，意识的经验是意识在把自己同某种东西区别开来，而同时又与它相关联的这个过程中所正在经历的一切，由于意识正在过程中，它就不能预示结果而反观所正在发生的过程。相反“，精神的现象”是意识已经走过整个的历程而反观历程的每阶段，这时的意识已经就是精神，用一个简单的类比来说明：前者是“现在进行时”，后者是“现在完成时”。意识在历史中所经验的，也是在时间中所经验的，只是，时间是抽掉了一切内容的空洞的直观，正在经验着什么的意识就是在时间中尚未完成的精神，可能在这个意义上，时间就等同于意识，意识与精神和时间的关系并不是本文论述的主题，所以在此只能简单引用黑格尔的一句话来说明它们的关系：“时间是作为自身尚未完成的精神的命运和必然性而出现的，而这个必然性就意味着必然使自我意识在意识里面具有的那一部分丰富起来，……必然使被认作内在东西的自在存在、使起初是内在的那种东西实现出来和启示出来，这就是说必然促使自我意识能达到自身确定性”。
二、纯粹哲学的开端从“绝对知识”开始
黑格尔在1806年夏季学期的讲座课上明确提出，精神现象学是逻辑学的入门，它由“绝对知识”的概念直接过渡到“存在”的概念。虽然黑格尔在《精神现象学》最终定稿时改变了把它作为哲学体系入门的初衷，但这并不妨碍我们仍把它当做进入《哲学全书》的一把钥匙。哲学本身作为一个“表明自己是一个返回自身的圆圈”，所以哲学没有其他科学的所谓的开始之点，这是黑格尔在《哲学全书》中明确提到的。但黑格尔随后把为何哲学有开端的原因指向了作为思维的主体？他说：“哲学的开端仅仅与决意作哲学思维的主体有关，而不是与这门科学本身有关。”。这门科学指的就是他的《哲学全书》体系，黑格尔在此指明了两点：一是开端与思维主体有关系，二是开端与体系本身没有关系。黑格尔在这里道出了《精神现象学》与《哲学全书》体系的关系，虽然《精神现象学》最后成为一个独立完整的思想体系，但它作为哲学体系入门的作用并未因此而消失，更进一步说，正是由于填充了世界历史的进程，才使得“绝对知识”的内涵更加丰富，从而就为进入哲学体系和作为哲学体系的开端做了更充分的准备。
但“决意”不能使主体一蹴而就地进入哲学，进入哲学需要一个过程。《精神现象学》描述了从“感性确定性”开始，以“绝对知识”结束的整个过程。“知识”在《精神现象学》中特指为意识的存在，或意识到了的存在，即“意识就是为了它自己的某物，这种关联或某种东西的为一个意识的存在，这个特定的方面，就是知识”。我们也可以在1807年10月28日《耶拿文汇报》的知识专栏上黑格尔对《精神现象学》做的一个介绍中看到他对知识和其发展过程的描述：
“本书描写生成着的知识。精神现象学应该对知识的根据作出心理学的解释或抽象的讨论。它从如下角度———通过这一角度它就是一个新的、有趣的、哲学的第一科学———看待科学的准备：它把精神的诸形态当作道路的各站包括在自身内，通过这条道路，精神就成为纯粹的知识或绝对的精神”。黑格尔把意识等同于人，或者首先是人的意识，而意识的发展成为进入哲学体系的关键，其原因在于黑格尔认为“意识”是“精神”的“现象”。精神是哲学发展的最高阶段，是完成了的“圆圈本身”，但精神为了证实自己需要首先扬弃自己，而这个扬弃了的精神就是意识，精神返回自身的这个阶段性过程是精神的现象阶段，对此阶段的研究黑格尔就称为“精神现象的科学”。所以，为进入《哲学全书》体系，《精神现象学》所描述的意识的整个发展过程就是必然且必需的，虽说在现象学中，意识的每一次进步都是一次“冒险”，但这也仅只是意识没有达到精神时，自认为的“前途未卜”。
《精神现象学》发展的最后阶段是“绝对知识”，这是意识发展的最高阶段，在这里意识或者是“自我意识”已经摒弃了在天启宗教中的外在化和对象性，并且再一次使它返回到自身内，黑格尔说：“意识或自我意识，它在它的异在本身里就是在它自己本身里”。这时的自我意识是已经返回到自身的精神，精神完成了自己证明自己是精神的过程，“这个精神赋予它的完全而真实的内容以自我的形式，从而就同时实现了它的概念”。这是对于“实体即主体”意思的表达，并且是已经完成了这个过程后所做的总结，当内容（实体）具有了自我（主体）的形式，这个内容就不仅是自在的，同时它也是自为的，是“为我”的内容，精神扬弃了它此前所走过的各个形态（意识发展的各个阶段），现在可以直接地把握自己，即概念式的把握，而精神对自己的这种直接的、概念式的认识所产生的结果，就是绝对知识，“精神在这个实现化过程里仍然保持在它的概念之中，这就是绝对知识”。起初，概念把自己同这种现实化对比起来，但为了获得实体性内容，概念必须扬弃与现实化的对立，让自己实现出来。这是概念的自我意识摒弃了它的片面性从而获得了普遍性的形式，这个现实化的结果是概念的自我意识达到了真实的概念或业已实现的概念，概念作为包含否定性和分裂为二的过程的绝对自相同一，就表达了主体即实体”的意思。黑格尔称上述这个现实化的结果为纯粹知识的知识“，它是一种本质知识，是一种纯粹的自我意识，而这一种自我意识同时就是真实的对象”。在精神现象的最后阶段，主体和实体达到了绝对的同一，这是真理的形式，同时也是真理的内容，《哲学全书》中所表述的就是这个真理体系的自在、自为的运动发展过程。精神在它的现象的最后阶段，扬弃了它现象的形式———意识，从而结束了“意识的经验科学”。从意识的角度进入《哲学全书》体系的过程业已完成，意识在这个时候已经从认识对象的外在性达到了认识对象于自身乃是同一之物的绝对知识，在一定意义上说，认识在这里终结了，精神扬弃了有限的意识的形态，进入了无限的绝对知识进展的体系中。正如黑格尔所说，“绝对知识是在精神形态中认识着它自己的精神，换言之，是精神对精神自身的概念式的知识”。精神的现象就是意识，现象作为现象，自身已经具有否定性、具有了自己分裂为二的本质，从这个意义上说，现象也仅是作为精神的现象。现象作为精神的他物总是有限的、受到规定的，而只有超出规定和有限性，它才能是他物的他物，这是现象的辩证法，这个他物的他物就是精神。而且现象所具有的否定自身的能力是精神预先设定在现象中的，精神为实现自己，为达到概念或真理的体系，把自身降低为现象，并在现象的发展中返回自身。现象是精神的现象，精神是现象的精神，所以这也是精神的辩证法，并且是真正的辩证法。
三、作为纯粹哲学的《逻辑学》
《精神现象学》作为《哲学全书》的导言以“绝对知识”结束，同时这个绝对知识又构成了《哲学全书》的内容，只是这个内容需要一个发展过程，才能达到它的理想性，即理念，所以《哲学全书》以《逻辑学》的“存在”概念开始，它如同现象学阶段的“感性确定性”一样都是最初的、最直接的和内容最贫乏的，由它的进展而最终到“绝对理念”才达到绝对知识的概念。正如黑格尔所说：“在我的《精神现象学》里采取了这样的进程，即从最初步、最简单的精神现象，从直接意识开始，阐明直接意识到哲学科学观点的辩证发展，哲学科学观点的必然性是通过这个进程指出的”。因此，《逻辑学》同样需要一个发展过程，在这个过程中的每个阶段的规定性或形式与现象学各阶段的发展相对应。
“自己知道自己的”精神已获得了它的“特定存在”的纯粹要素，这个纯粹要素即是概念，因此黑格尔说“：当精神达到概念时，它就在其生命的这种以太中展开它的定在和运动，而这就是科学”。这里的科学就是《哲学全书》体系。由此，精神从“绝对知识”进入了它的纯粹化的、理想性的阶段———《逻辑学》（《哲学全书》第一部分，本文如有涉及黑格尔的大逻辑，即《逻辑科学》内容时会区别标出）。精神扬弃自己的现象性，进入本质性的领域，在个领域中，真理以直接性的形式存在着，或者说精神不在为证实自己是真理而把自身分裂为意识与对象，而是这样的统一体，“它把具有真理性的对象性形式和自我的对象性形式结合为直接的统一体”，所以毋宁说，《逻辑学》同时也是整个《哲学全书》就是在真理本身中，在这里“精神自身的确实性与真理性的分离已经得到扬弃，或者说，精神不再属于现象。哲学科学不是寻求真理，而是处于真理之中，就是真理本身”。
作为真理本身的《逻辑学》以对象性的形式和自我的对象性的形式的统一体为研究的对象，这个对象就是纯粹思想，即纯粹的“思维规定”。所以黑格尔说：“逻辑学是关于各种作为纯粹思维产物的纯粹概念及其规律和运动的科学”。现象学进入绝对知识阶段后，就已经是真理的体系，体系同样需要表达，所以它以纯粹概念的规律和运动的形式进展。
黑格尔把由“绝对知识”开始的哲学体系称为《哲学科学百科全书》。黑格尔的百科全书并不是包含一切经验材料的科学，而是对于经验科学的基础与基本概念的阐明。黑格尔区分了两种百科全书，一种是对各门科学的堆集式的百科全书，无论从内容还是方法上来说，它都是偶然的、外在的、实证性的汇集。另一种是黑格尔意义上的哲学百科全书，它的特点是排除了知识的单纯堆集，排除了以单纯的任意性为其根据的知识，具有合理的根据和基础。而第一种意义上的百科全书在实证方法上有以下四种类型：第一种表现了在质料方式的有限性，“它们会把普遍的东西归结为经验的个别性与现实性，因而它们那本身合理的基础转变成了偶然的东西。在这个可变性与偶然性的领域里，能被视为有效的并不是概念，而只是一些理由”。法律、博物学、地理学、医学、历史学属于此类。第二种表现了形式方面的有限性“，有些科学并不认为它们的范畴是有限的，也没有揭示出这些范畴及其整个领域向一个更高领域的过渡，而认为这些范畴绝对有效，就此而言，这些科学也是实证的”。第三种是认识根据方面的有限性“，这类认识根据一部分是形式推理，一部分是情感、信仰与别人的权威，总而言之，是内部直观或外部直观的权威”。以人类学、意识事实、内部直观或外部经验为基础的属于这类。第四种是用外在的、反映概念的形象表述研究自然与人世间事情的理性科学，“表述的形式虽然单纯是经验的，但富有意义的直观却把那些仅仅是现象的东西编排得像概念的内在序列那样”。实验物理学、历史学属于此类。由此可见，在看黑格尔看来，真正的百科全书应该排除任何的外在性、偶然性，并且是以思想自身为对象所进行的纯粹研究，它之所谓可以称为真正的百科全书，是因为它的内容是所有自然科学、社会科学内容中的形式、逻辑和方法，在此我们可以想到康德打算建立的“未来形而上学”同样是作为一切科学的基础提出来的，不过黑格尔在这方面做得更加绝对和系统。
《逻辑学》是精神在概念阶段的运动，它由最初的“存在”到最后的“绝对理念”的运动构成了一个内在目的论体系，同时又以整部《哲学全书》的最高阶段“绝对精神”为目标。国内学者用黑格尔的“发展”概念来解读《逻辑学》的整体进程是很有道理的：“黑格尔的发展，是指事物从简单到复杂、从片面到全面、从低级到高级、从可能到现实的发展为自身的过程”。可以说，从《逻辑学》开始，精神就返回到自身，以其本来的形态———“概念”出现，但不是放弃，而是扬弃意识与自我意识的内容于自身内，所以《逻辑学》中的诸概念同样蕴涵着意识与自我意识的诸规定性。如黑格尔所言：“逻辑学不仅包括由存在着的一般知性的概念组成的体系，而且包括由具有自我意识的知性的概念组成的体系”。与现象学阶段不同的是这个阶段是以概念的运动形式出现的，相反，在现象学阶段，则是以意识与自我意识的运动形式表现出来的。所以“在科学中，精神运动的各个环节，由于精神的差别已经返回到了自我，它的各个环节就表现为各种特定的概念及这些概念的有机的、以自身为根据的运动”。每一环节是作为纯粹的、即摆脱了它的意识中的现象的形态，即纯概念而出现，而纯概念的前进运动只是依赖于它的纯粹的规定性。
在《逻辑学》的三个阶段中，只有存在论与本质论可以看作是意识与自我意识的概念表达，概念论阶段则可视为是对精神做概念式地表达。三者构成了逻辑学的内在目的论圆圈，三者同样在其内部都是一个圆圈，并且作为更大圆圈的必然环节，而哲学的整体就是最大的、包含一切的圆圈。对于体系所具有的这样的关系，黑格尔说到：“哲学的每个部分都是一个哲学整体，一个自身封闭的圆圈，但在这圆圈里哲学的理念是以一个特殊的规定性或要素存在的。单个的圆圈在自身就是总体，所以也打破它的要素的界限，而建立起一个更广阔的领域。因此，整体就表现为一个由许多圆圈组成的圆圈，这许多圆圈中的每一个圆圈都是一个必然的环节，以致它们的独特要素所组成的体系构成了完整的理念，而这理念也同样表现在每一个别环节之中”。如果圆圈还只是以二维图形表象哲学体系，那么我们可以用一个三维的圆球来表象这个整体，“生命”作为《逻辑学》概念论中的第一个概念，它确实具有表象辩证逻辑的优越之处，如每一个细胞都是一个自为的整体，而它同时也构成了更大整体的一个必然部分。
真正的圆圈式的辨证运动从《逻辑学》开始。在现象学阶段的运动只能看作是辨证运动的表象，在那里只是理性的诡计，说它是诡计，其原因在于辩证的运动潜藏在意识与自我意识的背后，并不真正显现出来。相反，从《逻辑学》开始，辩证运动或者更准确地说———思辨，作为本源的动力与各阶段的概念相同一，如果说在现象学阶段这个运动还是以自我意识对自身的否定和扬弃的形式出现，那么在纯粹哲学中，这个运动返回到它真正的载体中，这个载体就是概念，或者从全体来说，它就是理念。作为纯粹哲学的辨证运动，每个阶段都有它特有的规定性，黑格尔说到：“逻辑的东西就形式而言有三个方面：a抽象的或知性的方面，b辩证的或否定性理性的方面，c思辨的或肯定性理性的方面”。形式一般与内容相联，这里的形式指在思辨的运动中所表现出来的本质性，内容则是每个阶段受到规定的诸概念。
但是对于每个具体概念而言，即就逻辑的东西的内容而言，上述三个方面的形式规定存在于每一个概念之中。正如黑格尔自己所言，“这三个方面并不构成逻辑学的三个部分，而是每个逻辑上实在的东西的一些环节，即每个概念或每个真实东西的一些环节”。具体说来，如“关系”是“实存”与“现象”的第三个环节，所以它具有“思辨的或肯定性理性的方面，但它同时发展为“现实”阶段的第一环节“实体性”，所以又具有抽象的或知性的方面。这里还需特别注意的是第二个方面的规定性，它作为辩证的或否定性理性的方面是对有限事物的规定，正如本质论处于《逻辑学》的第二个阶段或环节，它所具有的规定性就是处于一个有差别的环节之中，相对于第一和第三阶段或环节的肯定性来说，它所具有的否定性使它处于间接性之中，即它们只能两两成对出现，每一个概念都构成对另一个概念的限制，每一环节中的两个概念的关系是相互映现，所以两者缺一不可。相对于前两阶段或环节，第三个方面的规定性可作为是无限的环节，进而前两个环节作为有待发展的环节则是有限的环节，这是一个根本性的规定，是贯穿于黑格尔的全部哲学之中的，从这个高度看，存在论与本质论都可视为有限的环节，因为概念论才是它们的本质和真理。所以《逻辑学》被认为是本体论、认识论和方法论的统一是很有道理的，正如国内相关专家称：“黑格尔是一位哲学家，又是一位逻辑学家”，因为只有从逻辑的角度，或者更准确地说，是从辩证逻辑的角度看，才能发现世界的真理。
《逻辑学》作为对意识各阶段的概念式表达，在“绝对理念”中得到了完成。哲学从《精神现象学》开始，当意识达到“绝对知识”时，它认识到概念才是它的内容，由此它放弃了现象的和外在的表达方式，把自身扬弃在真理的体系中。
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