审计风险管理的目的在于控制审计风险，而控制审计风险关键在于采取一些行之有效的控制方法。不同的审计风险，应采用不同的控制方法。对可控风险，审计人员可以针对引发风险的原因，采用相应的防范措施。对于不可控风险，审计人员也应充分评估，认真分析评价，以便确定其对审计工作的影响。总的来说，政府投资项目结算审计控制审计风险的方法可归纳为：
（一）自我保护法
对于可以控制的审计风险，审计人员应尽量采取必要的措施加以防范。其主要做法有：
1.提高审计人员的业务水平。
政府投资项目结算审计涉及知识面广、专业性强，审计人员不但需要熟悉审计程序、法律法规，还必须掌握工程造价专业知识及三维算量、工程计价等应用软件。审计人员的业务水平高低直接影响到审计风险发生的可能性，因此应当加强对审计人员的专业培训和继续教育，提高审计人员的风险意识和风险分析与控制能力，从而降低审计风险。
2.遵守审计准则。
政府投资项目结算审计与社会中介、财政评审的工程结算审核虽然主要工作都是对工程造价进行真实性验证，但项目结算审计与它们还是有本质的区别，其更注重审计的程序性、合规性及独立性。因此，审计人员在执业时一定要严格遵守审计准则，遵守职业道德，保持合理的职业谨慎态度，严格遵守审计程序，避免发生重大疏忽。
3.深入了解建设单位（被审计单位）和投资项目的基本情况。
建设单位的项目管理水平直接影响着投资项目的工程质量、进度、结算价等。因此，政府投资项目结算审计实施过程中，审计人员应首先对建设单位和项目的基本情况进行深入了解，识别出建设单位项目管理过程中结算价款控制的薄弱环节，如结算严重超预算、合同价未做出说明或未履行审批手续；现场签证管理不规范；设计变更未履行变更程序等。其次，审计人员在基本情况了解基础上，有针对性的编制政府投资项目结算审计实施方案。
4.取得建设单位（被审计单位）书面承诺。
政府投资项目结算审计开始实施时，审计机构应要求建设单位做出书面承诺，可以明确划分审计责任和被审计单位的责任，明确审计范围，预防审计风险，一旦审计风险成为现实，也可减少审计赔偿损失。
5.保持审计的独立性。
在实际工作中，很多诉讼案件都是审计人员屈从于某种压力，失去了审计的独立性，出具不真实的审计报告，使审计风险转化为现实的审计损失。失去审计的独立性，就很难做到客观、公正，难免遭受审计损失。
6.加强审计质量控制。
审计风险防范的重要措施之一就是加强审计质量控制，严格执行审计准则和相关职业规范，收集具有充分有效的审计证据，认真严格地编制和复核审计工作底稿，对重大问题实行报告制度，尽可能消除主观因素引起的审计风险。
（二）风险回避法
审计人员应尽量回避风险大而自身又无法加以控制的审计项目。如建设单位项目管理混乱、现场签证及设计变更随意、结算造价审核把关不严、管理人员缺乏正直的品格等。因为在这些情况下，结算造价出现差错和舞弊的可能性很大，固有风险很高，即使扩大审计测试范围，也难以降低审计风险水平，出现法律纠纷的可能性也就很大。因此，审计机构在接受委托或安排计划时，应对被审计单位进行调查评价，了解被审计单位是否具备审计的基本条件，否则不可轻易进行审计。
（三）风险转移法
审计机构没有专业从事政府投资项目结算审计人员的情况下，可以聘请社会中介机构配合实施投资项目结算的审计工作，审计机构与社会中介机构签订的协审合同中应划分清楚双方的责任。例如，在协审合同中约定中介机构负责对项目结算造价进行审核，并对结算造价的真实性负责等，这就是风险转移，把项目结算审核的风险转嫁到中介机构。如果日后项目结算价款发生了复议和诉讼，社会中介是要承担责任的。
（四）风险承受法
对于不可控的审计风险，审计人员应提高风险承受能力。比如建立风险基金制度、办理职业保险。虽然这些措施不能防范审计风险，但可减少诉讼失败时的经济损失。审计组织还可聘请法律顾问，对可能发生的法律责任问题及时同法律顾问商洽，以便采取合理的对策。
引发政府投资项目结算审计风险的因素很多、很复杂，审计风险控制的措施既涉及审计机构和审计人员，也涉及社会各方面。随着审计事业的发展，审计人员法律责任越突出，审计风险管理就越重要。
