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对菱蜡蝉亚科17种昆虫的mtDNACOI基因序列的研究

来源:学术堂 作者:姚老师
发布于:2014-07-09 共4606字
论文摘要

  线粒体细胞色素氧化酶第一亚基 DNA( mtDNA) 被认为是动物界中最适合的 DNA 条形码标准基因。COI 基因包含丰富的遗传信息,既相对保守又能保证足够变异,进化速率适中,可作为属种系统进化研究的良好标记,目前已广泛应用于昆虫分子系统发育分析。DNA 条码技术已为研究和利用地球上众多的生物资源,鉴定生物多样性提供了强大的工具,并在各物种的鉴定与分类中发挥重要作用。

  菱蜡蝉科 Cixiidae 隶属于半翅目 Hemiptera 头喙亚目 Auchenorrhyncha 蜡蝉总科 Fulgoroidea,该科最早由 Spinola( 1839) 建立,目前全世界已记录172 属 2 048 种。该类群昆虫不少种类为农林生产重要害虫,近年来逐渐引起人们的重视和关注。Ceotto 和 Bourgoin首次结合线粒体和核基因对菱蜡蝉科进行分子系统发育分析,研究基于来自 COI、Cytb、18S rDNA、28S rDNA( 2 个非保守区) 基因的 3 652 个碱基,结论是菱蜡蝉科与飞虱科互为姐妹群; 叶文斌等利用 2 个线粒体基因重建蜡蝉总科系统发育关系,主要通过 16S rDNA基因 3'端 400 个碱基以及 Cytb 5'端 120 个密码子对来源于 6 科 10 个分类单元( 16S rDNA 基因是 6科 9 个分类单元) 进行了研究; 近年张培做了中国菱蜡蝉科系统分类研究并描述了4个新种,其中基于 16SrDNA 对菱蜡蝉科 30 种进行了分子系统发育分析,其结果均显示,菱蜡蝉科组成一个单系群。

  本文通过对菱蜡蝉亚科 Cixiinae 9 属 17 种昆虫的 mtDNA CO I 基因序列进行研究,验证了 DNA条形码对菱蜡蝉亚科昆虫的识别和鉴定是可行的,测定了 22 条 COI 基因序列,运用 MEGA 5 对序列进行比对和遗传距离分析,基于 COI 基因序列构建ML、MP 、NJ、ME 系统发育树,用以快速、准确地鉴定菱蜡蝉亚科昆虫种类,为进一步研究菱蜡蝉科昆虫分子鉴定技术提供理论依据。

论文摘要

  1、 材料与方法

  1. 1 供试虫源

  所用实验样品分别采自贵州、云南、四川、广西、福建等地 ,采集信息见表1。样本置于1.5 ml 离心管用无水乙醇浸泡,于 -20℃冰箱保存,供实验用。

  1. 2 实验方法

  1. 2. 1 总 DNA 提取 样本经解剖、鉴定、编号后,头胸部用于 DNA 提取,腹部及特征结构用于鉴定。采用北京天根 TIANamp Genomic DNA Kit 血液/细胞/组织基因组 DNA 提取试剂盒 ( 离心柱型) 进行基因组 DNA 提取,对所提取的 DNA 样本采用 1%琼脂糖凝胶电泳进行检测。

  1. 2. 2 PCR 引物 CO I 基因 PCR 扩增使用的引物对是通用引物: 引物由上海生工生物有限公司合成,CO I 引物参考 Herbert,所用引物具体情况见表 2。

论文摘要

  1. 2. 3 PCR 反应体系及条件 使用上海生工生物工程有限公司的 2 × Taq PCR MasterMix,每 25 μL反应体系见表 3。95 ℃预变性 7 min; 95 ℃变性 50sec; 50 ℃ 退火 1 min; 72 ℃ 延伸 1 min; 变性延伸重复循环数 35 Cycles; 72 ℃延伸 10 min。

  论文摘要

  1. 2. 4 PCR 产物测序 PCR 产物经 1% 的琼脂糖凝胶电泳进行检测。检测时,上样量 4 μL,电泳结果用 Bio - Rad 凝胶成像系统观察、拍照( 图 1) 。PCR 产物检测条带单一、明亮,产物送至上海生工生物有限公司进行测序。每个样品采用正反双链双向测序,提高测序的准确度。

  论文摘要

  1.3 外群的选择及序列处理分析方法

  根据 Bourgoin 等分析了蜡蝉总科中 7 个科的 18S rDNA 序列,其结果显示菱蜡蝉科 + 飞虱科是系统树的最基部分支,并互为姐妹群,Yeh 等基于线粒体16S rDNA 对蜡蝉总科进行系统发育分析,结果显示飞虱科与菱蜡蝉科互为姐妹群; Ceot-to等对菱蜡蝉科进行系统发育分析时外群也选定了飞虱科。本文遵循以上学者的观点,选择褐飞虱 Nilaparvata lugens 作为外群。

  每个样品经测序均获得各自的 COI 基因序列,在 SeqMan 软件校对后确定准确无误后,在 NCBI中进行 BLAST 相似性检索,确定目的基因片段。从 GenBank 下载褐飞虱 Nilaparvata lugens 序列 1条作为系统发育分析外群。样品序列 22 条,所用的 COI 序列共计 23 条。

  采用 MEGA 5 对 DNA 序列进行比对并进行系统发育分析,计算序列的碱基组成、物种间遗传距离、恒定位点( constant site) ,变异位点( variationsite) 、简约信息位点( pasimony informative site) 、单突变位点( singleton site) 、转换碱基对( transitionalpairs) 。应用邻接法( NJ) 、最小进化法( ME) 、和最大简约法( MP) 构建系统树,使用 Kimura 2 - pa-rameter( K2P) 模型,空位采用成对删除 ( PairwiseDeletion) 策略,自展检验( Bootstrap) 1000 次。

  2、结果与分析

  2. 1 序列组成和变异

  序列组成分析结果显示,17 种菱蜡蝉线粒体DNA COI 基因序列平均碱基组成为: A: 31. 9% 、T:35. 3% 、C: 18. 2% 、G: 14. 6% ,A + T 含量为 67. 2% ,G + C 的含量为 32. 8% ,A + T 含量明显高于 G + C的含量,表现明显的 A +T 碱基偏嗜,且 A 与 T 含量相当,符合昆虫线粒体基因碱基组成的基本特征。经对比后得到 COI 序列长度为 809 bp,其中保守位点 C 118/809,变异位点 v 606/809,简约信息位点 Pi 381/809,自裔位点 S 215/809。

  2. 2 碱基替换分析

  使用 Mega 5 软件,计算全体位点及各位点的转换与颠换值以及其比值,计算结果如表 4 所示,全体位点的转换主要发生在 A 与 T 之间,转换/颠换比值( R) 为 0. 74。密码子第 1,2 和 3 位点 R 值分别为 0. 84,0. 74 和 0. 67。无论整体还是密码子各位点,其 R 值均小于 2,因此,该段序列转换与颠换未达到饱和,在构建系统发育树时考虑转换和颠换的发生比率; 且说明该段基因可靠度高,使用该基因得到的进化树可靠。COI 序列核苷酸密码子变异情况见表 4。

 论文摘要

  2. 3 遗传距离分析

  采用 MEGA 5 软件基于最大复合概似法( max-imum composite likelihood,MCL) 模型和 Kimura -2 - Parameter( K2P) 双参数模型,分析计算种间遗传距离( 表 5) ,结果表明,外群与 22 个样本之间平均点位差异系数均小于 0. 05,差异显著,外群与内群种之间的进化分歧最大为 0. 068,样本与外群遗传距离介于 0. 502 ~ 0. 645; 属间平均遗传距离为0. 133 介于 0. 102 ~ 0. 147,属内种间平均遗传距离为 0. 047,介于 0. 025 ~ 0. 079 之间; 种内地理类群间平均遗传距离为 0. 039,介于 0. 024 ~ 0. 064 之间,此范围与属内种间遗传距离范围有交集,地理种群间遗传距离差异不明显; 拟甘肃印度菱蜡蝉Indolipa paragansuensis 与基刺库菱蜡蝉 Kuvera ba-sisipina 之间的遗传距离为最大为 0. 319。分析结果说明,属间、种间遗传距离差异较明显,可将此段序列作为分析鉴别物种的依据。

  2. 4 系统发育树的构建

  采用 MEGA 5 软件基于最大简约法( ML) 、最大简约法( MP) 、邻接法( NJ) 和最小进化法( ME)等构建 4 棵系统树( 图 2 ~5) ,构建树使用 Kimura2 - parameter( K2P) 模型,空位采用成对删除( Pair-wise Deletion) 策略,自展检验( Bootstrap) 1000 次,不同方法构建的系统发育树基本相似。

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  从图 2 ~5 中可以看出: 所得 4 棵系统发育树拓扑结构之间具有一致性的同时,也存在着一定的差异。盘突贝菱蜡蝉三个地理类群云南、广西、贵州分别为三小支,聚为一支,置信度高达 99、99、100,与南岭贝菱蜡蝉 B. sp1 和峨眉贝菱蜡蝉B. sp2 聚为圆额菱蜡蝉族 Semonini 一支,圆额菱蜡蝉族的另一支库菱蜡蝉属四个种位于树的下部,其中 ML 树显示 K. ussuriensis 和 K. basisipina 聚为一小支( 其置信度高达 100) ,其再与香格里拉库菱蜡蝉 K. shangrilaensis 聚为一支,韦氏库菱蜡蝉K. wvibastei 却未与其聚在一支里,说明该种疏于本属;大菱蜡蝉属两个种小斑大菱蜡蝉M. raimaculatus 和硕大菱蜡蝉 M. grossus 聚为一小支( 置信度高达 100) 与册亨圆口菱蜡蝉 Discoph-orellus cehengsis 靠在一起组成菱蜡蝉族( Cixiini) ,但菱蜡蝉族( Cixiini) 中角突三脊菱蜡蝉 Trihacusgracilisplinus 位于树的中下部远离该族,其与欧菱蜡蝉族( Eucarpiini) 3 个种、安菱蜡蝉族( Andini) 安菱蜡蝉1 个种共同聚为一支; 五脊菱蜡蝉族( Penta-stirini) 两个种基刺瑞脊菱蜡蝉 Reptalus basiproces-sus、拟甘肃印度菱蜡蝉 Indolipa paragansuensis 单独聚为一支位于树的中部; 三叉安菱蜡蝉 Andes sp 与偏伊戴菱蜡蝉 D. excentricus 聚为一小支后与双叉伊戴菱蜡蝉 Dilacreon( Eluzalmon) difurcatus、林氏黑带菱蜡蝉 Kirbyana lini、双叉伊戴菱蜡蝉 Dilacre-on( Eluzalmon) difurcatu、角突三脊菱蜡蝉 Trirhacusgracilisplinus 聚为一大支,说明三叉安菱蜡蝉 Andessp 与该几个类群近缘。

  由 4 棵系统树可以看出,由同属组成的一支置信度高,不同属组成的一支置信度低,如库菱蜡蝉属( 基刺库菱蜡蝉 K. basisipina、乌苏里库菱蜡蝉K. ussuriensis) 一支、大菱蜡蝉属( 硕大菱蜡蝉、少斑大菱蜡蝉) 一支、贝菱蜡蝉属( 盘突贝菱蜡蝉、南岭贝菱蜡蝉) 一支近缘程度高,置信度分别高达100% 、99% 和 99% ; 近缘属能聚在一起,但置信度偏低,最低时仅 15%,这与属间、种间、种内遗传距离分析结果具有一致性。虽然遗传距离显示地理种群间差异不明显,并与种间的遗传距离范围有交集,但从系统发育树上能明显看出同一地理种群能聚在一支,且分支置信度高达 98% ~ 100%,说明地理种群之间也发生了遗传分化。结果显示: 菱蜡蝉亚科是单系群,这与张培基于 16SrDNA 序列系统发育树的结果基本一致,与传统分类学上的观点一致,但安菱蜡蝉属一支、库菱蜡蝉属一支与其发育树中对应位置存在一定的差异,有待进一步研究。

论文摘要论文摘要

  3、 讨 论

  自 Herbert 等以来,DNA 条形码在昆虫分类中得到了广泛应用。近年来,DNA 条形码技术用于昆虫种类鉴定的报道很多,如常虹等基于线粒体 COI 基因对齿小蠧属昆虫进行研究,结果表明其片段在种间平均遗传距离为 0. 199; 郭锐等做了9 种鹤类 DNA 条形码研究,其研究表明 9 种鹤类的种间平均遗传距离在 0. 124 ~ 1. 218 之间; 黄丽莉等利用 COI 基因对亚洲玉米螟 6 个不同地理类群进行了研究分析,6 个亚洲玉米螟地理种群的平均遗传距离为 0. 012,分歧最大的为 0. 019,最小的为 0. 002。通过比较研究表明,利用 COI 序列进行遗传距离分析及系统发育树构建,并通过属种间遗传距离的分歧大小,可用于区分不同的物种,但利用线粒体 COI 基因 DNA 序列分歧来确定不同地理种群间是否存在差异目前尚无定论,因此,在未来的研究中可采用不同的分子标记方法进一步验证。

  通过研究表明,菱蜡蝉亚科属间平均遗传距离为 0. 133 介于 0. 102 ~0. 147; 属内种间平均遗传距离为 0. 047,介于 0. 025 ~ 0. 079 之间; 种内地理种群间平均遗传距离为 0. 039,介于 0. 024 ~0. 064 之间,范围与属内种间遗传距离范围有交集,因此,地理种群间遗传距离差异不明显,但菱蜡蝉亚科昆虫属间、种间已经发生较显著的遗传分化,该片段可以较好的区分菱蜡蝉科昆虫不同物种,研究结果与Herbert 等研究理论一致。基于 COI 基因序列构建的系统发育树显示,同属物种聚为一小支,分支置信度高达 97% ~100%; 同一地理类群聚为一支,分支置信度高达 98% ~100%; 近缘属、种能聚在一起,但置信度偏低,这与属间、属内种间、种内遗传距离分析结果具有一致性。系统发育树也表明地理种群的进化与地理距离存在一定的相关性,虽然遗传距离显示同种物种间地理差异不明显,种间和种内遗传距离范围有交集部分,但是从系统发育树上能明显看出同一地理类群种能聚在一支,且分支置信度高,说明地理类群之间也发生了一定的遗传分化。所得系统发育树结果与传统分类学系统发育树结果基本一致,遗传距离分析等显示该片段基因序列能够区分菱蜡蝉亚科不同物种,因此,应用基于 COI 基因片段的 DNA 条形码对菱蜡蝉亚科昆虫分类鉴定是可行的。

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